一個具有LE遺傳素質的人，在上述各種誘因的作用下，使機體的免疫穩定機能紊亂。當遺傳因素強時，弱的外界刺激即可引起發病。反之，在遺傳因素弱時，其發病需要強烈的外界刺激。機體的免疫穩定紊亂導致免疫系統的調節缺陷，發生抑制性T細胞喪失，不僅在數量上，且功能亦減低，使其不能調節有潛能產生自身抗體的B淋巴細胞，從而使大量自身抗體形成而致病。有人在狼瘡鼠中發現早期有B細胞的過度活躍，但沒有見到調節T細胞的缺陷，提出產生自身抗體的B淋巴細胞株，逃脫了T細胞的控制調節，即在T淋巴細胞調節功能正常時，亦能產生自身抗體，亦即所謂SLE的B細胞逃脫理論。有人認為是由于輔助性T細胞的功能過強，引起免疫調節障礙產生大量自身抗體。亦有人提出可能是單核細胞或巨噬細胞的活力過度，通常產生某種因子，刺激輔助性T細胞，或直接刺激B細胞，引起自身免疫。提出“禁株學說”的人認為機體免疫穩定的紊亂，導致T、B細胞比例失調或B輔助/誘導細胞與T抑制/細胞毒性細胞比例失調，結果禁株淋廠細胞失去控制，過度增殖引起自身免疫病變。
近研究發現SLE患者有細胞因子分泌異常，IL-1乃由單核巨噬細胞合成，它可使SLE的B細胞增殖、介導B細胞自發的產生IgG，形成免疫復合物，引起組織損傷。MRL/1pr小鼠腎巨噬細胞中含有較多IL-1mRNA，體外培養可產生大量IL-1，IL-1可誘導IL-6、IL-8、TNF等炎癥因子產生，與狼瘡腎炎發生有關，IL-1活性與光敏感有關。約50%患者血清中IL-2含量增高，幾乎所有SLE患者血清中高水平的IL-2R，且活動期比緩解期高。IL-2主要由CD+4T細胞產生；為T細胞的生長因子。此外SLE患者血清IL-6水平升高，在活動期更明顯，在SLE患者出現中樞神經SEL活動期，IL-10水平升高，IgG生成增多，較多證據提示IL-10在B細胞異常活化中起重要作用。這些細胞因子網絡動態平衡失調引起異常的免疫應答，同時亦參與局部的致病性作用。