所用的免疫毒素也存在許多問題，如對靶組織的特異性殺傷作用弱，尤其對大型實體瘤的浸潤性較差，在體內的免疫反應嚴重，難以真正過渡到臨床應用。因而研制出只殺死相關的病理性自身反應性T細胞的有關免疫毒素是推動這一研究深入的關鍵。此外，許多免疫毒素在體內部都會引發不同程度的血管滲出綜合癥(VLS)。結合基礎和臨床研究現狀，免疫毒素今后的發展方向為：將免疫毒素用于放療化療和骨髓移植后的輔助治療，及病人體內微小殘留病灶的清除；加強基礎研究，研制新型的基因工程化的重組免疫素素，使其具備分子小、易擴散、免疫原性低的優點，以期成為腫瘤等頑癥治療的重要制劑之一。
近年出現了一系列由通過膜作用的毒素構建而成的新型免疫毒素。例如以蜂毒肽構建的免疫毒素，但對其應用的研究還處在初級階段，短時間內還無法替代經典的免疫毒素形式。因此，選擇高特異結合活性并能夠有效內化的抗體是至關重要的。在構建免疫毒素中，應考慮選擇合適的構建形式以使抗體與抗原結合作用不受影響，為得到活性高的免疫毒素還需從多方面對毒素加以優化和改造。研究成果和臨床試驗表明，免疫毒素將發展成為腫瘤靶向治療中的一種新型而有效的治療模式。