光源發射光路由LED光源、凸透鏡1、濾光片1和凸透鏡2組成。LED光源的光軸與凸透鏡1、濾光片1以及凸透鏡2的光軸在一條線上。光源為綠色(中心波長為580 nm)高亮度LED光源，LED位于發射光路凸透鏡1的焦點，這樣光源發出的光經凸透鏡1后變為平行光，濾光片1采用中心波長580 nm帶寬為30 nm的窄帶干涉濾光片，平行光經過濾光片1后，入射光中565 nm～595 nm范圍以外的光被濾除掉，出射的光為窄帶光(565 nm～595 nm)，其經過凸透鏡2后，被聚焦到樣品上，激發出熒光，熒光波長為610 nm。
熒光檢測光路由凸透鏡3、濾光片2、凸透鏡4和光電轉換器組成。光電轉換器與凸透鏡3、濾光片2、凸透鏡4的光軸在一條線上。熒光檢測光路光軸和發射光路光軸成45°角，最大程度地減少了激發光對熒光信號檢測的影響。熒光檢測光路光軸和發射光路光軸的交點在檢測試紙上，且交點為凸透鏡2和凸透鏡3的焦點。濾光片2采用中心波長610 nm，帶寬為15 nm的窄帶干涉濾光片。激發出的熒光被凸透鏡3收集后變為平行光，平行光通過濾光片2后，原來的少量激發光會被濾光片濾除掉，僅剩激發出的610 nm左右的熒光信號通過[2-3]。通過濾光片后的光被凸透鏡4收集聚焦到熒光檢測模塊上的光電轉換器上，實現光信號到電信號的轉換。