根據抗原抗體反應的結合步聚的不同，免疫熒光標記技術可分為直接法、間接法、補體法和雙重免疫熒光法四種。
直接法是將熒光素標記的特異性抗體直接與相應的抗原結合，以檢查出相應的抗原成分。
間接法是先用特異性抗體與相應的抗原結合，洗去未結合的抗體，再用熒光素標記的抗特異性抗體（間接熒光抗體）與特異性抗體相結合，形成抗原一特異性抗體一間接熒光抗體的復合物。因為在形成的復合物上帶有比直接法更多的熒光抗體，所以間接法要比直接法更靈敏一些。
補體法是用特異性的抗體和補體的混合液與標本上的抗原反應，補體就結合在抗原抗體復合物上，再用抗補體的熒光抗體與之相結合，就形成了抗原一抗體一補體一抗補體熒光抗體的復合物。熒光顯微鏡下所見到的發出熒光的部分即是抗原所在的部位。補體法靈敏度高，適用于各種不同種屬來源的特異性抗體的標記顯示。
在對同一組織細胞標本上需要檢測兩種抗原時，可進行雙重熒光染色，即將兩種特異性抗體（例如抗A和抗B）分別以發出不同顏色的熒光素進行標記，抗A抗體用異硫氰酸熒光素標記發出黃綠色熒光，抗B抗體用四甲基異硫氰酸羅明達標記發出橙紅色熒光，將兩將熒光抗體按適當比例混合后，加在標本上（直接法）就分別形成抗原抗體復合物，發出黃綠色熒光的即抗A抗體結合部位，發出橙紅色熒光的即抗B抗體結合的部位，這樣就明確顯示出兩種抗原的位置。