全二維色譜儀分類有多種。
1、按分離目的可分：實驗室全二維色譜儀和工業全二維色譜儀。
2、按流動相物理狀態可分：全二維氣相色譜儀和全二維液相色譜儀。
3、按作用可分：全二維定量分析色譜儀和全二維定性分析色譜儀。
4、按分離化合物的特點可分：全二維同系物色譜儀和全二維同分異構體色譜儀等。
5、按分離特征可分：全二維高選擇性色譜儀、全二維高靈敏度色譜儀和全二維高分離度色譜儀。
6、按用途可分：生物色譜儀、制藥色譜儀、化工色譜儀、食品色譜儀、氨基酸色譜儀、蛋白質色譜儀、糖類色譜儀、多肽色譜儀、核酸色譜儀和酶色譜儀等。