在尋找疾病相關基因的研究中，使用基因芯片對家系進行連鎖分析，將基因定位于少數幾個區域中，接著進行外顯子組測序或全基因組重測序尋找候選區域中的遺傳變異，是一個準確高效的研究方案。本文列舉了上海交通大學醫學院附屬新華醫院皮膚科李明老師團隊的兩項研究，均使用了上述方法成功找到了疾病相關的基因變異位點。該研究中的Illumina Infinium Human OminiZhongHua-8基因芯片和外顯子組測序服務由上海伯豪生物技術有限公司提供。
研究思路
研究案例
案例一 連鎖分析和重測序揭示Basan綜合征相關SMARCAD1突變
該研究使用了連鎖分析和全基因組重測序發現了一個新的SMARCAD1基因選擇性剪切突變，此突變被認為引發了Basan綜合征。在此研究之前，已有研究在患有Basan綜合征的美國家庭鑒定出了SMARCAD1基因的5個突變。Basan綜合征是一種罕見的常染色體顯性遺傳病，癥狀為可自愈的先天性肢端水皰、粟丘疹、無指紋及掌跖角化過度等。本文的研究對象是一個患有Basan綜合征的家系（見圖1）。具體病征見表1。
圖1.1. 患有Basan綜合征的家系圖譜。箭頭所指為先證者。
表1. 家系中8例患Basan綜合征的臨床表現
研究首先使用了Illumina Infinium Human OminiZhongHua-8基因芯片對整個家系樣本進行基因分型。過濾掉低質量位點，單態位點，以及不符合孟德爾定律的位點后，得到11,152個SNPs用于連鎖分析。由于Basan綜合征存在類似遺傳性大皰性表皮松解癥的臨床表現，因此先排除掉已知相關基因KRT5的突變。隨后連鎖分析得到了兩個相關區域，為4p15.31-4p14和4q13.2-4q23。