5．質控設置 根據質控要求。設置質控物個數，質控規則，質控項目及相應質控參數等。
6．樣品管設置 包括樣品管類型，殘留液高度（死體積），識別方式等設置。
7．其他設置對數據傳輸方式、結果報告格式、復查方式及復查標準等設置。
(二)常規操作程序
開機(預熱、保養)-設置開始條件(日期時間索引、輪次、樣品起始號等)-根據需要，申請校準、質控和病人測定項目(包括架號、杯號或順序號。測定中可繼續申請)_裝載校準品、質控物和病人標本-裝載試劑-核對儀器起始狀態（未應用條碼系統，采用順序識別樣品時，尤其要核對測定起始編號是否與樣品架號和申請號相符）-定標和質控測定-檢查定標和質控結果-病人標本測定-測定過程監控（試劑檢查，觀察分析結果，編輯校正）-數據傳遞（打印報告，向檢驗管理系統傳輸，包括工作量統計、財務統計、病人情況追蹤、質控分析等)。測定后保養。
(三)測定結果檢查分析
1．要了解和熟悉儀器的各種警示符號的含義與作用在正確設定參數的前提下，利用各種警示符能提高 們發現問題和解決問題的效率。
2．要熟悉和靈活運用儀器的相關操作屏(界面) 如：用反應過程監測(REACTION MONITOR)，觀察反應時間進程曲線；用校準追蹤(CALIBRATION TRACE)回顧分析校準曲線；利用統計(STATISTICS)了解不同日期段病人測定均值及數據分析；運用分析數據編輯(DATA EDIT)察看和校正測定數據。
3．校準的檢查要充分利用儀器設置的功能，監測校準曲線圖形、各校準點吸光度值(不能忽略試劑空白值及空白速率值)、計算K值等的波動情況，以及與以往的比較。必要時，應進一步檢查反應時間進程曲線。必須結合質控數據來把握實驗條件。
4．病人結果的檢查除了目測觀察或用血清指數了解標本性狀，注意和了解臨床資料及診斷外，學會分析反應時間進程曲線及數據是重要的基本功。
四、基本測定方法
(一)終點法(END POINT METHOD)
根據反應達到平衡時反應產物的吸收光譜特征及其吸光度大小，對物質進行定量分析的方法。對一般化學反應來說，反應完全(或正、逆反應動態平衡)、反應產物穩定時為反應終點。對抗原一抗體反應來說，是抗原和抗體完全反應、形成最大且穩定的免疫復合物時為終點。在反應時間進程曲線上為與X軸平行線區段。在測定計算方式上，一般分為一點法和兩點法兩種。
1．一點法(ONE POINT) 以試劑和樣品混合之前的空氣空白(GB)、水空白(WB)或試劑空白(RB)的吸光度值為測定計算基點，以反應終點的吸光度讀數減去空白讀數，得到反應吸光度。通過與相同條件下校準液反應吸光度的比較，求得測定結果。常與一點校準法配合使用，即采用一個校準濃度，校準曲線通過零點且成線性。也應用多點校準。
2．兩點終點法(TWO POINT END)即終點一始點法 以試劑和樣品混合之后的某一時間點作為始點，以反應終點的吸光度讀數減去始點讀數。一定條件下可降低樣品對反應或反應本身的特異性于擾(主要指色度干擾)。常采用雙試劑，多以加R2前某一點作測定始點；某些情況下，也可以加R2后一點作測定始點。若使用單試劑，主反應啟動太快或儀器起始讀數點受限時難以運用。
固定時間法(FIXED METHOD)與兩點終點法的區別只是在：測定讀數的末點不在反應平衡區段，而是根據方法學選擇。如血清肌酐(苦味酸法)測定。
3．三點終點法 即雙終點法，在一個通道內一次進行兩項反應相關的終點法測定。比如同測游離脂肪酸和甘油三酯。某些儀器(如HITACHI系列)設置此方法。