現在科研、質檢部門對于菌落儀的要求也越來越高，上述軟件功能應該能夠滿足現在客戶的需要，但是對與一些特殊實驗應用面來說，在功能上還有待加強。除軟件功能，另外一點也不得不提，那就是操作。現在越來越講究人機結合的舒適性，講究產品功能的強大和操作的簡單化成反比。對用用戶來說才算是真正解放。
全自動菌落計數儀就是為了減輕工作人員工作強度的，在現今的高技術下，若還需要估算才能測出菌落數的話，應是比較落后了。最好的是：能“不變應變”精準、穩定地傻瓜式操作的分析軟件，其對于菌落形態和樣品狀態的不確定性，能夠自動適應，以避免不斷地調節菌落分割參數，其最多由對話交互來擦除那些個污染部分，即可。