全自動菌落計數儀因其使用的自動化程度高、分析結果可核對、樣品信息可留存等，已逐漸被越來越多的科研院所、衛生疾控部分所喜愛。如何選型，才能獲得性能卓越的菌落計數儀，并取得高性價比呢？這得從該類儀器的原理來解釋。現今面市的所有全自動菌落計數儀均是采用成像分析法實現自動計數的，即由【成像硬件+分析軟件】所組成，這二塊內容的任何一塊上出現失分，都會嚴重影響計數分析結果的穩定性。 分析軟件是全自動菌落計數儀 的另一塊核心成分。因為菌落生物的存在多樣性，在培養基上的表現或顯像不可能大體一致，針對這類變化，在分析軟件選型上要考慮：對于各類成像干擾的自動排出能力。比如：是否能自動矯正背景，等等。另外，對于嚴重粘連在一起的團裝、鏈狀分布菌落，將其自動分割開來的水平，也是評價分析軟件的考量指標。尤其是：對于同類菌落的“一鍵”化的智能分類計數能力，以及對于菌落計數分類的自動識別學習能力，更是評價分析軟件的關鍵考量指標。現在比較好的分析軟件，具有圖像處理、圖像編輯、統計功能、測量功能、數據庫管理、以及對抗生素效價分析、藥敏分析功能、多培養皿統計、螺旋平皿統計等一系列功能。
圖像處理：圖像調節(灰度圖、負相圖轉換、對比度、RGB分割...)、圖像增強...
圖像編輯：文字嵌入、圖形嵌入
統計功能：菌落智能識別技術（很重要）、區域選擇統計、直徑分類統計、鼠標單擊計數、顏色識別統計、人 工計數修正、排除污染區域計數、自動換算功能、自動雜質剔除、粘連菌落分割、菌落形態學分析、多通道分割...
測量功能：自動分析菌落直徑、面積等精確測量長度、角度、面積等
數據管理：數據自動存儲、查詢、Excel導出報表打印、數據庫權限設置
高級功能：抑菌圈測量、紙片法藥敏分析、多培養皿統計、螺旋平皿統計 全自動菌落計數儀就是為了減輕工作人員工作強度的，在現今的高技術下，若還需要估算才能測出菌落數的話，應是比較落后了。最好的是：能“不變應變”精準、穩定地傻瓜式操作的分析軟件，其對于菌落形態和樣品狀態的不確定性，能夠自動適應，以避免不斷地調節菌落分割參數，其最多由對話交互來擦除那些個污染部分，即可。