分析軟件是全自動菌落計數儀[2]的另一塊核心成分。因為菌落生物的存在多樣性，在培養基上的表現或顯像不可能大體一致，針對這類變化，在分析軟件選型上要考慮：對于各類成像干擾的自動排出能力。比如：是否能自動矯正背景，等等。另外，對于嚴重粘連在一起的團裝、鏈狀分布菌落，將其自動分割開來的水平，也是評價分析軟件的考量指標。尤其是：對于同類菌落的“一鍵”化的智能分類計數能力，以及對于菌落計數分類的自動識別學習能力，更是評價分析軟件的關鍵考量指標。現在比較好的分析軟件，具有圖像處理、圖像編輯、統計功能、測量功能、數據庫管理、以及對抗生素效價分析、藥敏分析功能、多培養皿統計、螺旋平皿統計等一系列功能。
圖像處理：圖像調節(灰度圖、負相圖轉換、對比度、RGB分割...)、圖像增強...
圖像編輯：文字嵌入、圖形嵌入
統計功能：菌落智能識別技術（很重要）、區域選擇統計、直徑分類統計、鼠標單擊計數、顏色識別統計、人 工計數修正、排除污染區域計數、自動換算功能、自動雜質剔除、粘連菌落分割、菌落形態學分析、多通道分割...
測量功能：自動分析菌落直徑、面積等精確測量長度、角度、面積等
數據管理：數據自動存儲、查詢、Excel導出報表打印、數據庫權限設置
高級功能：抑菌圈測量、紙片法藥敏分析、多培養皿統計、螺旋平皿統計