傳統的菌落計數器使用時，是將計數筆連接到主機上，打開電源開關，將培養皿放在白光板上，打開白光燈，用計數筆觸動計數，LED顯示屏顯示所計數量；計數完成可用計數筆在稿紙上暫記總數，重新開關電源，LED顯示屏自動歸零，二次計數與稿紙上一次總數比較，數量相同可得較準確的結果。同時，按照細菌計數檢驗規程規定，一只培養皿中細菌生長數超過300個時，應將檢驗樣品稀釋重作，以保證計數的準確性，所以，一般的菌落計數器儀器顯示計為三位數。
