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A: 有沒有人做過共價化合物的分子對接?
B:薛定諤有，covalent docking。
A:有沒有用過，結果可有價值?
B:我有替實驗室師兄做過一次，挺大的天然產物去對接，全塞進腔里了，感覺有點不對勁。需要你去定義反應位點，以及化合物的反應基團及類型，比如邁克爾加成。
殷賦科技:@A 你要針對少數化合物進行對接還是大批量對接?處理方式可以不同。少量的話，就可以重點研究每一個對接構象，批量的話，就不好一個一個看了。
針對少量化合物，我就用Dock6來做非共價對接，然后再挑選合適的Pose，手動連接形成共價復合物。
A:通過分子對接的方法，能不能判斷與蛋白是否可以形成共價結合呢?
B:分子對接無法實現反應過程，能否形成還是得參考文獻。
殷賦科技:共價結合的基礎是合適的構象、反應部位靠近，部分反應需要水分子、金屬離子或輔酶的參與。按照這個前提條件去過濾，可以把很大一部分化合物排除掉。剩下的，做QM/MM或者直接上實驗吧。
盡管常規的分子對接無法實現反應過程，但可以幫助我們pass掉不能形成共價結合的分子。
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A:蛋白質配體復合物下載后，怎么分析各種化學鍵?有哪些網站免費可以用?
B:化學鍵最好人工分析，主要通過原子之間的幾何關系和原子性質去判斷，不同軟件之間定義鍵的標準都是有一些區別的。
C:簡單軟件MOE可以分析，pymol自身也有分析功能。具體在網上應該是可以找到相關教程的，或者查文獻看看別人是如何做分析化學鍵的，但還是需要綜合自己判斷，確認、分析、增補。
D:pdb官網，提供晶體的ligand interaction。具體見預覽圖下方的3D view>Ligand interaction，基本夠用。可以調整角度，位置，查看/隱藏鍵的類型。
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A:請教下，有沒有可以把兩段蛋白(pdb)直接脫水縮合拼在一起的軟件?
B:我之前用過一個笨方法，modeller多模板同源建模，把拼接的序列寫進fasta，指定兩個晶體結構就能做出來，但是需要優化，評分不是很好。
殷賦科技:如果脫水縮合的地方在空間上是緊挨著能夠成建的，直接手動改下pdb文件，把兩鏈改成一條鏈，或者用MOE合并鏈。
C:請問，怎么計算B-factor，用DS和薛定諤可以計算嗎?
D:B-factor可以直接從晶體結構里面提取。