傳統的 光學顯微鏡使用的是場光源， 標本上每一點的圖像都會受到鄰近點的 衍射或 散射光的干擾；激光掃描共聚焦顯微鏡利用激光束經照明 針孔形成 點光源對標本內 焦平面的每一點掃描，標本上的被照射點，在探測針孔處 成像，由探測針孔后的光電倍增管（PMT）或冷電耦器件（cCCD）逐點或逐線接收，迅速在計算機 監視器屏幕上形成 熒光圖像。照明針孔與探測針孔相對于 物鏡 焦平面是共軛的，焦平面上的點同時聚焦于照明針孔和發射針孔，焦平面以外的點不會在探測針孔處 成像，這樣得到的共聚焦圖像是標本的光學橫斷面，克服了普通顯微鏡圖像模糊的缺點。