共進化假說提出傳統的密碼是從原始的簡單密碼進化而來，密碼子的進化與氨基酸生物合成的進化是并列的。
主要證據是這個原始的密碼可能是由64個密碼子通過高度簡并只編碼少量的氨基酸，而后的進化中，那些來自相關合成路徑的物理化學性質不同的氨基酸卻具有相似的密碼子，表明密碼子的進化與氨基酸生物合成具有密切相關性。王子暉認為后引入的氨基酸密碼可能是通過篡奪與它具有相近生物合成路徑氨基酸的密碼而得到的，共進化理論鑒定了8組成對的前體和產物。這個假說后來還由朱利奧（M.Di Giulio）加以發展。
