1、毛細管、電暈放電針
TQMS離子源探頭中不銹鋼樣品毛細管的位置相對于采樣錐孔來說，通常水平距離為4mm，垂直距離為8mm，毛細管伸出探頭的長度0.5mill。如毛細管或探頭尖出現不可回復的阻塞、有劃痕或遭到損壞時，需及時清洗或更換。
另外，當使用APCI源時如發現電暈放電針看上去被腐蝕、變黑或信號靈敏度下降時，要對放電針進行清潔，可用鉗子將其拔出，用研磨片清潔電暈針并磨尖針尖，然后用浸透甲醇的織物將針擦干凈；如果放電針已變形或損壞，可將其換掉。
2、一級、二級錐孔
TQMS離子源采用空間正交的“z”字型設計，毛細管噴針沒有直接對著采樣錐孔(一級錐孔)，而是上移偏轉一段距離，噴出的離子根據電場吸引作用拐一個“z”字型彎才到達錐孔，因此理論上抗污染能力很強，可以有效避免離子源的污染。
但隨著使用次數的增多，如發現采樣錐孔明顯變臟或儀器靈敏度下降，應及時拆卸下采樣錐孔和擋板進行清洗。卸載時將離子源溫度降至室溫，關閉真空隔離閥，取出錐孔滴甲酸數滴，浸潤幾分鐘，在甲醇：水(50：50)溶劑中超聲清洗20min，然后再用純甲醇超聲清洗。
如果清洗后仍不能增加信號強度，而又排除了液相部分或樣品有關的因素時，就要拆卸下萃取錐孔(二級錐孔)、整個離子座和六極器進行清洗，萃取錐孔和離子座的清洗方法可參考采樣錐孔；六極器的清洗可用一個不銹鋼鉤子插入裝置后支撐環的一個孔中將裝置吊人一個500mL量筒中，加入純甲醇超聲清洗30min，取出后晾干或氮氣吹干再進行安裝。