1.內分泌系統疾病
腺垂體功能低下、尿崩癥、甲狀腺、腎上腺、性腺功能低下等病均有其典型的臨床和生化改變，可定位，而下丘腦綜合征出現的內分泌代謝障礙多伴有多個系統的損害，不能用單一靶器官或單一垂體損害來解釋。
2.神經衰弱綜合征
可出現全身多個系統受損的表現，但查體、實驗室檢查及特殊檢查往往無陽性發現。
3.與顱內腫瘤，炎癥等原發病鑒別
上述疾病可出現相應的癥狀和體征，但如果在此基礎上出現一系列內分泌代謝系統的改變或出現攝食、體溫、睡眠障礙，難以用原發病解釋，應考慮到下丘腦綜合征的診斷。
