一般缺損面積較大，位置低，多數病例宜行縫補術。術中顯露右心房后，必須注意辨認下腔靜脈瓣，以免將下腔靜脈瓣誤認為缺損下緣予以縫合，以致術后下腔靜脈血液回流入左心房，產生大量右至左分流。不論直接縫合或用心包片或織片作縫補術，在缺損下緣可將縫線穿過缺損兩側房間隔組織和左心房后壁，這樣可避免下腔靜脈后壁皺縮。縫合缺損下緣時還應注意避免損傷房室結和房室束。心房間隔缺損縫合或縫補術即將完成時，于左心房內插入小導管，左側心腔內注入生理鹽水，氣管插管加壓使肺充氣排出左心房內殘留氣體，然后結扎最后1針縫線，縫合右心房切口。放松腔靜脈束帶，于左心室心尖部和主動脈根部插入粗注射針排凈殘留氣體后，逐漸放松主動脈阻斷鉗，待心臟恢復正常搏動，體溫升高到35℃以上停止體外循環，術畢抽取上腔靜脈和右心房或肺動脈血液作氧含量測定，可以判明有無殘余左至右分流。按常規拔除腔靜脈及主動脈插管，縫合心包切口。心包腔內及前縱隔放引流管，縫合胸骨及胸壁切口。第2孔型心房間隔缺損手術死亡率一般為0～1%。閉合或縫合缺損后，左至右分流消失，肺動脈瓣區收縮期雜音消失或減輕，心功能改善，臨床癥狀消失。20歲以下病例術后胸片檢查顯示心影逐漸縮小，但心電圖檢查房性心律紊亂，右束支傳導阻滯和右心室肥大征象仍可持續存在。