1、心動過速是常見的不良反應，尤其用量較大時。還有引起低血壓的報道。
2、中樞神經系統：大劑量使用時，可引起眩暈、坐立不安、震顫、疲乏和運動困難。經皮膚給藥也可引起嗜睡、坐立不安、記憶障礙、幻覺和混亂。兒童出現定向力障礙、易激惹、混亂、幻覺和震顫的幾率比成人高。有引起昏迷、高熱、驚厥的報道。
3、消化系統：口干、便秘。
4、泌尿/生殖系統：可引起排尿困難和尿潴留，老年患者尤應注意。
5、眼睛：長時間用眼部制劑可引起局部刺激，即結膜炎、血管充血、水腫和濕疹性皮炎。此外，也可發生幻視。有散瞳作用，可引起視力模糊和畏光。較大劑量時，還可發生睫狀體麻痹。經皮膚給藥可發生眼睛干澀、發紅或瘙癢，還可導致急性閉角型青光眼。偶見引起瞳孔大小不等及內斜視。
6、皮膚：皮膚粘貼劑可引起皮疹、紅斑、接觸性皮炎等。
7、戒斷癥狀：某些患者停用東莨菪堿皮膚粘貼劑后出現戒斷癥狀，包括眩暈、惡心、嘔吐、頭痛和平衡障礙。用藥超過3天者，這些戒斷癥狀較常見。偶見經皮膚給藥后導致精神病。