1、靜滴：
（1）從小劑量開始，一般按1mg、3mg、5mg、10mg遞增，逐漸增加劑量到0.7mg/（kg·d）。開始劑量增加要慢，患者反應不明顯時可適當加快增量速度。
（2）兩性霉素B每次的劑量溶入500ml5%葡萄糖注射液中，6～8小時內滴完。選擇葡萄糖注射液在pH5.5，如低于pH5.3時主藥穩定性下降，如pH低可用碳酸氫鈉注射液調整其pH值。
（3）用藥中患者反應明顯時，可用小劑量糖皮質激素（如地塞米松1～2mg）拮抗。
（4）為預防寒戰和高熱可在用藥前20～30分鐘，直腸給消炎痛栓劑1/3。
（5）兩性霉素B對光不穩定，輸液時應避光進行。
（6）用藥過程中應監測肝腎功能、電解質。
（7）兩性霉素B總量一般為2～3g。
2、霧化吸入
適用于肺及支氣管感染病例。一日量5～10mg，溶于注射用水100～200mL中，分4次用；
3、局部病灶注射
濃度1～3mg/mL，3～7天用1次，必要時可加普魯卡因注射液少量；對真菌性膿胸和關節炎，可局部抽膿后注入藥5～10mg，每周1～3次。