（一）利用ELISA法或免疫熒光法檢測病毒特異性抗原和（或）IgM抗體。乙型腦炎和腸道病毒性腦膜炎均已采用特異性IgM抗體作為早期診斷的措施。
（二）病毒核酸檢測。只要已知該病毒的該酸序列，即可人工合成引物(primer)進行PCR體外擴增，可獲得病毒特異核酸片段，有早期病原學診斷價值。現已用此法從患者CSF中檢測單純皰疹病毒。
（三）腰椎穿刺：
盡可能早做腰椎穿刺，腦脊液送常規、細胞學和特異性檢查，最好做細菌培養或藥敏試驗，盡可能做病原學檢查。一次腦脊液檢查不能確診、病情變化、觀察治療效果、鞘內用藥等需反復多次腰椎穿刺。
（四）其他輔助檢查：
血常規、血沉、腦電圖等。根據病情及鑒別診斷需要做腦CT、MR掃描。