EV71累及神經系統主要表現為無菌性腦膜炎、腦炎及癱瘓性疾病,多發生于5歲以下幼兒,1歲以下嬰兒發病率最高。臨床表現變化多樣,病情輕重不一,一般表現為陣攣、嘔吐、共濟失調、意向性震顫、眼球震顫及情感淡漠等。頭顱MRI及腦電圖檢查有助于明確疾病的嚴重性。