指物質代謝過程中從開始物質A到最終產物X的中間各種反應。在反應A→B→C→D→…→X中B→C、C→D等都是中間代謝。中間代謝不是A→X的最短途徑，多數是長途徑迂回的反應系列。由于細胞內的其他物質或各種條件對中間階段的酶可產生作用，因此可能調節A的消耗或X的生成速度，同時也能轉換成為另外的途徑。中間代謝在合成反應時需供給能量，而由異化反應釋放出能量（如糖酵解生成ATP）等，所以物質代謝與能量代謝的聯系和統一等是很重要的。作為研究手段，可有效地利用示蹤物。
