主-肺動脈隔缺損導致循環生理異常。由于大量血流自主動脈分流至肺動脈，使肺靜脈回流至左側心腔的血量增加，加重左心室負擔，因而引起左心室肥大及勞損，而體循環血流量相對不足，導致發育不良或遲緩。由于肺充血，易引起呼吸系感染。后期，肺小動脈發生管壁增厚和管腔變小等繼發性病變，使肺動脈阻力增加、壓力升高，右心室負荷過重，引起左、右心室合并肥大。待肺動脈壓力高于主動脈時，形成反向（右至左）分流，出現全身性發紺。
