根據基因的位置和功能,主要組織相容性復合體分為三類,分別為MHC class I,MHC class II,MHC class III.
MHC class I(MHC I):位于一般細胞表面上,可以提供一般細胞內的一些狀況,比如該細胞遭受病毒感染,則將病毒外膜碎片之氨基酸鏈(peptide)透過MHC提示在細胞外側,可以供殺手CD8+ T細胞等辨識,以進行撲殺。
MHC class Ⅱ(MHC Ⅱ):大多位于抗原呈遞細胞(APC上),如巨噬細胞等。這類提供則是細胞外部的情況,像是組織中有細菌侵入,則巨噬細胞進行吞食后,把細菌碎片利用MHC提供給輔助T細胞,啟動免疫反應。
MHC class Ⅲ (MHC Ⅲ) :主要編碼補體成分,腫瘤壞死因子(TNF),熱休克蛋白70(HSP70)和21羥化酶基因(CYP21A和CYP21B)。