引起習慣性流產的病因如遺傳因素、染色體異常的胚胎多數會發生流產，極少數可能繼續發育形成胎兒，但出生后也會發生某些功能異常或合并畸形。還與孕婦黃體功能不全、甲狀腺功能低下、先天性子宮畸形、子宮發育異常、宮腔粘連、子宮肌瘤、染色體異常、自身免疫等有關。或者環境因素砷、鉛、甲醛、苯等化學和放射性物質過多接觸，造成習慣性流產。
