有些早期損害似扁平疣；發生露出部位的角化型損害易與老年性角化病(或日光性角化病)相混淆；色素很深的損害應與痣細胞痣區別。魚鱗病發生炎癥或受了刺激的損害可類似基底細胞瘤或鱗狀細胞癌乃至惡性黑素瘤，此時則需作活檢或手術后作病理檢查來鑒別。
(一)扁平濕疣：為表現扁平的潮濕的丘疹，常常融合，基底不窄，可找到梅毒螺旋體，梅毒血清學陽性。
(二)女陰假性濕疣：又稱女陰尖銳濕疣樣丘疹，多見于青壯年。皮疹位于兩側小陰唇內側面，為群集不融合的魚籽狀或息肉狀小丘疹，觸之有顆粒感或柔軟感，淡紅色，較潮濕，一般無自覺癥狀，有的有輕度癢感。
(三)陰莖珠狀丘疹：多見于青壯年，為冠狀溝部珍珠狀半透明丘疹，白色、淡黃或紅色，呈圓錐狀、球狀或不規則狀，沿冠狀溝排列成一行或數行，甚或包繞一圈，無明顯覺癥狀。
(四)鮑溫樣丘疹病：皮疹常由多個色素性丘疹組成，也可單個出現，散在分布或有群集傾向，排列成線狀或環形，嚴重可融合成斑塊，發展緩慢(數月或數年)，本病為原位鱗癌，或由尖銳濕疣發展而來。本病女性稍多，分布部位主要在大小陰唇、肛周。
(五)皮脂腺異位癥：丘疹在粘膜內，無重疊生長，多為淡黃色。
(六)皮脂腺增：淡黃丘疹，無蒂，無棘刺，無重疊，無融合。
(七)系帶旁腺增生：包皮系帶兩側成對排列的皮色或淡紅色丘疹，有的表面可見輕度棘刺狀。丘疹基底不窄，粟粒或針頭大，無明顯自覺癥狀。
(八)傳染性軟疣：單個不融合的皮色半球形丘疹，周圍光滑，中央有臍凹，可擠出軟疣小體。