兩種異構體主要用于有機合成，5,6.二羥基吲哚是黑素原的重要中間體, 黑色素是生物體內的酪氨酸經系列酶催化氧化反應形成。其中經過的一個最重要的中間體就是5,6-二羥基吲哚。5,6-二羥基吲哚是生物體內的物質，無毒、副作用。以對苯二胺及其衍生物為原料的染發劑致癌、致畸性、過敏的不良影響。5,6-二羥基吲哚分子量小，作為永久染發劑，染發機理一樣，都是通過滲入毛發后，經氧化聚合反應，形成有色的大分子物質而被固定。目前已在一些洗化用品中被用來取代苯胺、苯酚類化合物。
5，6-二羥基吲哚也是一些氨基酸、生物堿、色胺的中間體，它對角蛋白纖維的染色有較好的效果。