植物亞麻酸的分解代謝的主要去路可以總結為三個部分。其一與其他脂肪酸一致,發生β-氧化最終分解產生乙酰CoA,這是亞麻酸作為貯存脂肪酸分解提供能量的主要方式;其二是受到氧化自由基的攻擊而發生自動氧化反應分解為低碳鏈脂肪酸或者脂質自由基;其三則是分解產生植物生長調節物質茉莉酸。