亞油酸和亞麻酸在前列腺素合成的過程中消耗同一種酶，卻產生作用完全相反的前列腺素。因此它們在體內又是競爭和相互抑制的關系。亞油酸代謝產物過多可引起炎癥、過敏等；人為補充過量亞麻酸代謝產物（EPA/DHA）則引起免疫力低下，傷口不容易止血。 [8] α-亞麻酸攝取過量，也可能會引起消化不良、惡心等癥狀。同時作為脂肪成分，容易導致能量過剩。
由于α-亞麻酸分子中存在三個共軛雙鍵，所以有非常強的還原性，高溫、空氣中的氧氣、紫外線以及一些重金屬離子都可以將其氧化，故富含α-亞麻酸的食用油應該避光、密封保存，使用時盡量避免高溫煎炸，同時在油中加入適量的維生素E作保護作用。