病毒分離，細胞腫大變園呈“氣球樣”表明有病毒存在，熒光抗體染色有助于進一步鑒定病毒。也可用原位雜交和PCR技術檢測受感染細胞中的病毒DNA，或用血清學方法測定病毒特異性IgM和IgG類抗體。
診斷HHV-6感染主要基于以下幾個方面：
①患兒發熱數天且熱退后出現丘疹。
②能通過細胞培養分離到病毒，但需時較長，約10~30天，也可能獲得陰性結果。
③應用直接免疫熒光法檢測到特異性IgM或IgG類抗體。
④血液或唾液作PCR，檢測到HHV-6的DNA。
⑤腦脊液PCR測定HHV-6核酸陽性，可診斷腦膜炎患者。