先天性遺傳缺陷是造成代謝病的主要原因之一。例如，家族性純合子高膽固醇血癥患者的組織細胞完全缺乏低密度脂蛋白受體，使低密度脂蛋白攜帶的膽固醇不能經受體途徑代謝,血漿膽固醇顯著升高,可達13～26mmol/L(500～1000mg/dl)。家族性雜合子高膽固醇血癥患者的組織細胞有相當于正常人一半的低密度脂蛋白受體,膽固醇可部分經受體代謝,血漿膽固醇中度升高，多為7.8～13mmol/L(300～500mg/dl)。粘脂病是一種溶酶體功能紊亂的遺傳病，主要影響結締組織、腎小球及腎小管上皮。其癥狀與粘多糖病相類似，但尿中排出粘多糖不增加。為常染色體隱性遺傳。診斷需測定血清中β-乙糖胺酶、 艾杜糖硫酸酯酶及芳基硫酸脂酶活性。也是一種遺傳病，由于缺乏分解糖原的某些酶，糖原積累于肝、肌肉、心、腎等組織，引起肝、脾、腎腫大和、、高乳酸血癥、等。在先天性中，部分是酶的缺陷所致,臨床表現為及高尿酸血癥,伴痛風性急性關節炎、痛風石沉積、痛風性慢性關節炎、關節畸形、腎功能損害及尿酸結石形成等。銅藍蛋白結合障礙，過多的銅沉積于肝、腦、腎、角膜，即為、門克斯氏綜合征（卷發綜合征）也是銅代謝障礙，表現為發卷曲、色淺、質如金屬絲,生長遲緩,癡呆，肌陣攣等。
有些遺傳因素使病人對某些不良外界因素的易感性較正常人高。如具某些類型人白細胞相關抗原者易發生胰島素依賴型，病毒等感染和其他外界因素可侵犯這些易感者的胰島細胞，造成自身免疫反應和β細胞的破壞。這里，外界致病因素是發病的重要條件。胰島素依賴型糖尿病人的單合子孿生同胞有50%不發病，這說明外界致病因素的重要作用，而胰島素非依賴型糖尿病病人的同卵孿生同胞則100%在1年內發病，這說明在后者遺傳因素對發病的作用較前者突出。
有時，兩種遺傳病可造成同一種代謝紊亂，當這兩種遺傳病同時存在時，所引起的代謝紊亂較單個遺傳病嚴重得多。如糖尿病脂血癥是家族性高甘油三酯血癥和糖尿病共同所致的嚴重高甘油三酯血癥，病人血漿乳糜微粒及極低密度脂蛋白大量堆積,甘油三酯可達22mmol/L(2000mg/dl)以上，易反復發生急性及早發冠心病。