位點特異性重組既可以發生在一個DNA分子中，也可以發生在兩個DNA分子間。重組酶識別位點有方向性，所以重組時兩個重組位點的排列有方向性。
1．插入 當位點特異性重組發生在兩個閉環DNA之間或一個閉環DNA與一個線性DNA之間時，重組的結果是DNA插入（即整合），并且插入之后在兩端形成同向重復序列。
2．缺失 如果DNA分子中一個片段的兩端存在同向重復序列，則該DNA分子可以通過位點特異性重組使該片段缺失，并且缺失片段成環。
3．倒位如果DNA分子中一個片段的兩端存在反向重復序列（1R），則陔DNA分子可以通過位點特異性重組使該片段倒位。