IPFI演變迅速,病死率高,需要采取綜合性防治措施,而不是一味地依賴抗真菌藥物治療。因此,IPFI的治療原則包括：以預防為主；積極處理原發病,盡可能去除危險因素；加強支持治療；包括全身和局部治療的綜合治療；以及及時地抗真菌治療,合理選用抗真菌藥物。
侵襲性真菌感染的抗真菌治療策略可分為4個階段：
①對未發生侵襲性真菌感染的高危患者進行預防性治療；
②對可能發生侵襲性真菌感染（擬診）的患者進行經驗性治療；
③對很可能發生侵襲性真菌感染（臨床診斷）的患者進行先發治療（或稱按臨床診斷治療,即很可能發生侵襲性真菌感染,但尚缺乏明確的陽性輔助檢查結果前進行的治療）；
④對確診患者進行目標治療。對于IPFI應及早給予抗真菌藥物治療,可以大大降低病死率。治療常需靜脈給藥,療程一般6～12周以上。嚴重感染者應采用有協同作用的抗真菌藥物聯合治療。