1、診斷
凡病情危重、手術后、老年慢性病患者，尤其是接受大劑量抗生素治療后，突然發生腹瀉、腹痛者，均要考慮假膜性小腸結腸炎，如大便為水樣便，并伴有發熱等癥狀，應高度懷疑本病的可能。最終確診有賴于病原學和組織學檢查。
2、鑒別診斷
本病應與炎癥性腸病、外科急腹癥等相鑒別，鑒別要點包括抗生素應用史、內鏡檢查、病理檢查以及毒素試驗等。
