1.糞便常規
將糞便涂片鏡檢，若發現革蘭陽性桿菌及其芽胞將對臨床判斷很有幫助。隨后可進行分階段細菌培養，檢查有無大量革蘭陽性菌。糞便在顯微鏡下見膿細胞和白細胞增多，隱血試驗呈陽性。
如有條件，可用雙酶梭狀芽胞桿菌抗霉素中和法測定糞便中有無難辨梭狀芽胞桿菌霉素的存在。不含細胞的糞便濾液在組織培養中產生的細胞霉素作用可由抗霉素來中和，可用以幫助確定診斷。
2.細菌學檢查
90%的病例在發病時糞便中可培養到難辨梭狀芽胞桿菌。
3.細胞毒素的毒性實驗
稀釋的大便或細菌培養濾液，對組織培養細胞（HELA）有特異性的細胞病理效應，這種效應可被污泥梭狀芽胞桿菌的抗毒素中和，從而證實難辨芽胞桿菌為產毒菌株。
4.毒素A的檢測
可以用對流免疫電泳、酶聯免疫吸附實驗、乳膠凝集實驗、單克隆抗體方法等檢查毒素A。
5.其他輔助檢查
（1）結腸鏡檢 假膜性腸炎同時侵犯結腸，尤其是乙狀結腸可借助結腸鏡進行檢查。典型的表現為黏膜發紅水腫，上面有斑塊或融合的假膜，活檢可見黏膜有急性炎癥，假膜內含有壞死上皮、纖維蛋白、炎性細菌等。應用纖維結腸鏡檢查時要掌握病程進展的階段，腸炎尚未形成假膜或局部的假膜已經脫落時鏡下未必能發現假膜，所以不一定以假膜為惟一的診斷根據，未見假膜并不一定能排除本病。假膜性腸炎病變可以呈跳躍式分布，為了防止遺漏小的病變，要求鏡檢的范圍必須包括全結腸，在有代表性部位采取病變組織，采取活檢時要有一定的深度。
（2）腹部X線平片 常有腸黏膜增厚、小腸脹氣，部分腸麻痹患者表現為腸梗阻。鋇灌腸可能發現腸管邊呈毛刷狀、指壓跡癥和散在的圓形、不規則形充盈缺損。氣鋇雙重造影可提供更多的診斷指標，但必須小心操作防止腸穿孔的發生。
（3）超聲診斷 超聲能發現局部腸壁假膜、黏膜及黏膜下水腫導致的重度增厚、腸腔變窄或消失，仔細探查可于右下腹發現似腸結核或腫瘤的假腎征。條件好的超聲診斷儀還能更準確地分辨病變相關的層次。除此之外，超聲診斷能發現疾病伴發的腹水等。
（4）CT檢查CT的表現不具有特異性，偶可發現低衰減的增厚的腸壁。
（5）血液生化檢查可見電解質紊亂，常有低鉀、低鈉及低蛋白血癥。血清白蛋白要低于3%，白細胞計數可高達20×109/L以上，且以中性細胞為主。