1、波數精度高
波數是紅外定性分析的關鍵參數，因此儀器的波數精度非常重要。因為干涉儀的動鏡可以被很精確地驅動，所以干涉圖的變化很準確，同時動鏡的移動距離是由He-Ne激光器的干涉條紋來測量的，從而保證了所測的光程差很準確。而現代He-Ne激光器的頻率穩定度和強度穩定度都是非常高的，頻率穩定度優于5*10-10，因此在計算的光譜中有很高的波數精度和準確度,通常可達到0.01cm-1。
2、極高的靈敏度
色散型紅外分光光度計大部分的光源能量都損失在入口狹縫的刀口上，而傅里葉變換紅外儀沒有狹縫的限制，輻射通量只與干涉儀的平面鏡大小有關，在同樣的分辨率下，其輻射通量比色散型儀器大得多，從而使檢測器接受的信噪比增大，因此具有很高的靈敏度，可達10-9~10-12g。由于此優點，使傅里葉變換紅外光譜儀特別適合測量弱信號光譜。例如遙測大氣污染物車輛、火箭尾氣及煙道氣等和水污染物例如水面油污染等。此外，在研究催化劑表面的化學吸附也具有很大潛力。
3、光譜范圍寬
傅里葉變換紅外儀只要能實現測量儀器的元器件（不同的分束器和光源等）的自動轉換，就可以研究整個近紅外、中紅外和遠紅外10000cm-1~10cm-1的光譜。這對測定無機化合物和金屬有機化合物十分有利。
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