病因尚不清楚，可能是在機體遺傳基因易感的基礎上，外界因素作用下的結果。由于在抗磷脂抗體陽性的人群中只有部分出現臨床表現，故APS的發生還與其他因素有關。
1.有家族聚集傾向，有遺傳基因易感性。
2.人類白細胞抗原（HLA）Ⅱ類抗原：患者的DR4、DRw53、DR7的出現頻率亦較高，文獻中患者多為SLE，SLE患者如為DR4、DRw53表型時臨床上也往往有本病的表現。
3.免疫球蛋白基因特點及異常：研究表明是由于編碼Ig可變區基因的胚系基因突變引起。
4.補體C4等位基因缺陷。
