先天性巨細胞病毒感染診斷的金標準是出生后2周內在患兒尿液和唾液中分離出巨細胞病毒。此外，尿液、血液、唾液和腦脊液樣本中檢測巨細胞病毒脫氧核糖核酸（DNA）和巨細胞病毒抗原（PP65）也是快速診斷先天性巨細胞病毒感染的方法。出生后2~3周血清中檢測到巨細胞病毒-免疫球蛋白M（IgM）亦表明先天性巨細胞病毒感染。
