弓形蟲不同于其他大多數細胞內寄生病原體，幾乎可以感染所有各種類型細胞。弓形蟲從入侵部位進入血液后散布全身并迅速進入單核-巨噬細胞以及宿主的各臟器或組織細胞內繁殖，直至細脹破，逸出的原蟲（速殖子）又可侵入鄰近的細胞，如此反復不已，造成局部組織的灶性壞死和周圍組織的炎性反應，此為急性期的基本病變。如患者免疫功能正常，可迅速產生特異性免疫而清除弓形蟲、形成隱性感染；原蟲亦可在體內形成包囊、長期潛伏；一旦機體免疫功能降低，包囊內緩殖子即破囊逸出，引起復發。如患者免疫功能缺損，則的蟲大量繁殖，引起全身播散性損害。弓形蟲并可作為抗原，引起過敏反應、形成肉牙中要炎癥。此外，弓形蟲所致的局灶性損害，尚可引起嚴重繼發性病變、如小血栓形成、局部組織梗死，周圍有出血和炎癥細胞包繞，久而形成空腔或發生鈣化。 弓形蟲可侵襲各種臟器或組織，病變的好發部位為中樞神經系統、眼、淋巴結、心、肺、肝和肌肉等。