先天性白血病的病因尚不清楚。一般認為與新生兒的體質與遺傳因素及宮內環境因素有關。在同卵雙胎中有明顯的遺傳傾向，如二者之一在6歲以前發生白血病，另一個患白血病風險為20%，通常在第一個發病后幾個月內發生雙卵雙胎及同胞中發生白血病的幾率比一般兒童高2～4倍。先天性白血病染色體異常多見于9-三體13-三體Turner綜合征及Down綜合征文獻認為，先天性白血病可能是引起死胎的原因之一，多發生于妊娠34～38周，伴有胎兒水腫提示病變在宮內已存在胎兒及胎盤的組織學病理(宮內環境因素)包括免疫組化及電鏡分析，可能有助于了解先天性白血病產前發生的規律。