先天性脊髓空洞癥分為先天發育異常性和繼發性脊髓空洞癥兩類。前者多合并小腦扁桃體下疝畸形，后者常由外傷、腫瘤、炎癥等引起。后者少見，是指繼發于脊髓腫瘤、外傷、炎癥、頸椎病、椎管狹窄等脊髓壓迫癥。
先天發育異常所致者，有以下幾種學說。
一、先天性脊髓神經管閉鎖不全：
本病常伴有脊柱裂、頸肋、脊柱側彎、環枕部畸形等其它先天性異常支持這一看法。
二、胚胎細胞增殖：
脊髓灰質內殘存的胚胎細胞團緩慢增殖，中心壞死液化形成空洞。
三、機械因素：
因先天性因素致第四腦室出口梗阻，腦脊液從第四腦室流向蛛網膜下腔受阻，腦脊液搏動波向下沖擊脊髓中央管，致使中央管少數民族擴大，并沖破中央管壁形成空洞。