事物總是有兩方面的，任何一種療法都不是十全十美的。光化學療法也不例外。由光化學療法引起的副作用，包括近期和遠期的副作用。
1.近期副作用
（1）胃腸反應有胃部不適、惡心、食欲不佳等，見于補骨脂素內服的患者。避免空腹服藥或將1次劑量分為2份，間隔半小時內服，可減輕反應；
（2）紅斑反應為紫外線照射劑量過大所致。如紅斑反應重可暫停照射。在紅斑消退后，適當地減少照射劑量；
（3）皮膚瘙癢、干燥常發生在治療一段時間后，外用潤滑劑可減輕癥狀。
（4）其他副作用較為少見。曾有多毛、甲下出血、甲剝離、雀斑樣色素沉著、痤瘡樣發疹、紅斑狼瘡樣反應、皮膚疼痛、誘發類天皰瘡、中毒性肝炎等報告。
2.遠期副作用
（1）皮膚老化這主要是長期照射反應可促使皮膚發生老化。臨床表現為點狀色素沉著和脫失、皮膚干燥、萎縮和角化過度等；
（2）引起白內障文獻中已有一些這方面的報道。但在這些患者中，有一大部分很難排除與其他因素有關，如內服皮質類固醇激素、糖尿病、年老等，盡管如此，也無法否定其白內障的發生與紫外線無關。因此，在治療中，強調服用補骨脂素后8～12小時內佩戴保護眼鏡是很有必要的；
（3）致癌作用根據近幾年來的一些研究證明光化學療法具有致癌作用，它與多種因素有關，如人種、膚色的深淺、生活環境、機體免疫情況、以往的治療史、紫外線照射的累積劑量等。
3.副作用的預防
為了減少皮膚癌發生的可能性，特別是對銀屑病的治療，采取一些預防措施是必要的。這些措施包括：
（1）禁用對以往曾接受過X線、砷劑等治療的患者，以及患有日光性角化癥等癌前損害的患者，不要應用光化學療法治療；
（2）盡量不用對病情不嚴重，可用其他療法的患者，盡可能不用光化學療法；
（3）減少紫外線累積采用綜合治療，以減少紫外線的累積量。