原發性克雷白桿菌屬肺炎多以大葉分布，常見于肺上葉，尤其是右上葉；繼發性肺炎多以小葉分布，為雙肺斑片樣支氣管肺炎樣表現，多肺葉、雙側性及小葉分布者少見，總體病理與肺炎球菌肺炎相似，但發展較快，無明顯肺炎的階段性變化，但有其自身特點：
①尸檢病變肺葉，其切面可見到黏液樣滲出物流出，或可以挑起黏稠的絲狀滲出物，這是其病理的特征性改變。
②肺組織破壞迅速，4天之內可形成多發性膿腫或單一大膿腫，肺泡壁破壞，致肺泡萎縮，肺容積減小，主要肺血管可發生栓塞，引起繼發性肺壞疽、壞死。
③常合并胸膜侵犯，發生胸膜纖維素性滲出，粘連，其發生率約為25%，甚至合并心包積液。
④早期組織學檢查中，可見到水腫液、單核細胞及細菌，后期可見肺泡壁破壞，有大量多形核中性粒細胞，纖維組織增生活躍，易發生機化改變。
⑤可致肺內出血、膿氣胸、心包炎、支氣管擴張等改變，部分可成為慢性克雷白桿菌肺炎變化。