病菌的主要來源是病人及慢性病菌攜帶者（如慢性酒精中毒者），細菌的傳播主要有以下幾種途徑：
手部傳播主要原因是未嚴格執行消毒及交叉感染的預防措施。
常見的器械傳播包括霧化器、呼吸機及其管路、氣管插管、鼻飼管等。
①霧化器：是常見的感染源，除引起交叉感染外，尚可導致環境污染。據Merlz報告，發生于Bilevui醫院的暴發性克雷白桿菌屬肺炎就是由霧化器污染引起的。
②呼吸機：機械通氣過程中，由于管路與病人呼吸道相連形成閉式循環，加之環境污染、消毒不嚴、換管不及時等因素，使管路內菌落寄殖率很高，同時由于氣體壓縮及管路與周圍環境的溫差，造成管路中水氣凝集（尤其是接氣管插管處）。據報告，普通無加熱管路每小時水氣凝結量達20～40ml，是細菌生存的主要場所。據介紹在接近插管處的管路水中，每毫升含菌量超過20萬個，轉動病人體位等就會使含菌水直接流入下呼吸道內。自主加熱管路很少，且費用昂貴，維護繁瑣，立即解決很困難。按照美國疾病控制中心（CDC）的要求，管路應每24h更換1次，但臨床實踐發現，與48h更換管路比較，二者的細菌數量并無差異，甚至部分文獻指出，每24h更換管路肺炎的發生率更高。具體需臨床視監測結果及實際條件而定。據有關文獻報告，接受機械通氣病人肺炎的發病率是未接受人的7～21倍，其中肺炎克雷白桿菌是最常見的病原菌之一。
③氣管插管：氣管插管是菌落密集的器械，據一項電鏡檢查表明，插管95%區域可見到菌落，其中86%完全為菌落覆蓋，其原因在于：A.插管損傷咽部，破壞了宿主的自然防御機制。B.破壞了氣道纖毛的清潔作用。C.破壞了吞咽反射及活動。D.插管無法頻繁的更換，吸痰時內外混合感染。鑒于上述原因，氣管插管又直接跨越咽部屏障，加之套囊周圍分泌液泄漏，使細菌可直接進入下呼吸道。
咽部是肺炎克雷白桿菌最常見的寄殖部位，也是肺炎直接的病菌來源。正常人咽部肺炎克雷白桿菌的檢出率小于1%，而重癥病人經反復咽部分泌物培養，革蘭陰性桿菌檢出率高達70%。據一項研究報告，在一個ICU的26例院內獲得性克雷白桿菌屬肺炎病人中，有22例（84%）事前咽部檢測到了肺炎克雷白桿菌。咽部的菌落寄殖是與咽部上皮細胞的吸附能力密切相關的。在咽部上皮細胞表面，存在有相應的細菌吸附受體，正常情況下，這些受體被咽部纖維連接蛋白（Fibronectin）所覆蓋，但病理情況下（酗酒、營養失衡、吸煙、應用廣譜抗生素及氣管插管等），各種非特異性蛋白酶釋入口腔中，它們可以消化上皮細胞表面的纖維介素，此刻受體顯露出來，細菌就會與之發生“連鎖樣”的吸附。
肺炎克雷白桿菌與咽部上皮細胞的親和力極高。但奇怪的是，其并無吸附用途的刷狀緣，因此其吸附原理尚不明了。肺炎克雷白桿菌的口咽部生存期可常達數月之久，這在慢性酒精中毒病人中尤為明顯，據統計約29%的慢性酒精中毒者為咽部肺炎克雷白桿菌帶菌者。另據一項對肺炎痊愈后出院病人咽部細菌的追蹤調查發現：75%以上病人出院4周后咽部菌落消失（包括銅綠假單胞菌，金黃色葡萄球菌等），但肺炎克雷白桿菌大多持續存在，至調查結束，仍有43%肺炎克雷白桿菌菌落尚未消失。