(1) 確保共沉淀的蛋白是由所加入的抗體沉淀得到的，而并非外源非特異蛋白，單克隆抗體的使用有助于避免污染的發生；
(2) 要確保抗體的特異性，即在不表達抗原的細胞溶解物中添加抗體后不會引起共沉淀；
(3) 確定蛋白間的相互作用是發生在細胞中，而不是由于細胞的溶解才發生的，這需要進行蛋白質的定位來確定。
