選擇穿透性角膜移植術的基本原則：
1.對病人一般情況（全身及眼局部）的要求同內眼手術。
2.年齡 一般不受年齡限制，但年齡過小不易合作，過大植片成活力差。
3.視功能 一眼視力正常，另一眼視力很差（弱視），手術把握不大，宜慎重考慮。視力>0.1，應根據植片透明愈合的把握大小慎重考慮。惟一的眼，視力雖<0.1，沒有把握禁止手術，即或有相當把握也應慎重。
4.應考慮術后長期藥物治療不良反應的承受能力；全身健康狀況及生命可能延續的時間。
5.眼局部情況
（1）角膜：
角膜損害的時間：
①患病日久，如自幼患角膜白斑，患眼往往形成弱視。術后即使植片透明亦難增視。
②病程短暫者，活動性病變尚未完全穩定，術后易招致感染或復發。
角膜損害的性質：
①病變仍在活動，應爭取在穩定狀態下手術。但圓錐角膜進行性病變，應盡早手術。
②傳染性病變若需手術時，應在臨床及藥敏均獲有力控制措施情況下，方可手術。
角膜的厚度：
①變薄：見于后彈力膜膨出，角膜變性或潰瘍；
②變厚：見于角膜水腫、炎癥及增生。
角膜上皮及內皮情況：
①上皮水腫意味著內皮功能不佳。
②內皮損害者只能做全層移植。
角膜渾濁的部位、大小及深淺：
①角膜中央圓盤狀或方形全層渾濁是部分穿透性角膜移植術的最佳適應證。
②渾濁直徑>8mm者，植片透明率低。
③渾濁的深淺決定需要切除部分的深淺，只要深實質層、后彈力膜及內皮層良好，應爭取做板層移植。
角膜新生血管：新生血管破壞了角膜的先天免疫赦免屏障，它是發生排斥反應、導致移植失敗的原因。因此，在新生血管豐富時，應盡量避免手術。待炎癥消退后，血管閉塞或退變后再手術。此外淺層血管比深層或旺盛血管危險性要小。
（2）前房：
深前房：可能有視網膜脫離或晶狀體脫位，術后難以增視；淺前房：見于虹膜前粘連、角膜瘺或原發性青光眼，術后易發生高眼壓。
（3）虹膜后粘連：若未妨礙房水循環，對角膜移植預后影響不大，前粘連時術后易發生繼發青光眼致植片渾濁水腫，手術時宜用黏彈物質將粘連分離或將粘連部虹膜切除。
（4）眼壓：低眼壓見于角膜瘺，網膜脫離或眼球初期萎縮，預后不佳。高眼壓雖不是絕對禁忌證，但應妥善處理，眼壓控制正常3個月后做角膜移植。
6.其他情況 眼瞼：內翻、倒睫、兔眼或瞼球粘連，均應先糾正不復發半年后再行角膜移植；結膜：結膜囊狹窄、粘連、干燥（天皰瘡、多形滲出型紅斑、Steven-Johnson綜合征），都會影響移植片的透明愈合，術前應先進行治療，并應充分估計對移植的影響；眼球震顫：盡可能做板層角膜移植，而不做全層移植；晶狀體渾濁：有良好顯微手術經驗的術者，可做角膜移植-白內障囊外摘除-人工晶狀體植入三聯術。
7.手術時間
①全角膜白斑或燒傷后血管翳性角膜白斑，在改良基地的板層角膜移植術后2年左右方可行部分穿透性角膜移植術。瞼球粘連分離術后至少半年至1年行板層或穿透性角膜移植術；
②角膜炎癥病變控制后手術為宜，但進行性活動病變如角膜深潰瘍為預防穿孔應及時手術；
③堿燒傷至少1年以后手術，但傷情嚴重，后彈力膜膨出或將近穿孔者應及時做治療性板層角膜移植術。