全層角膜移植術適用于：
1.光學角膜移植適應證
（1）圓錐角膜。
（2）角膜白斑。
（3）單皰病毒性角膜炎靜止期。
（4）角膜營養不良及變性。
實質性營養不良：
①顆粒狀營養不良；
②格狀營養不良；
③斑點狀營養不良。
內皮性營養不良：
①先天性遺傳性內皮營養不良；
②Fuch′s營養不良；
③后部多形性營養不良。
少見的營養不良：
①中心性結晶樣營養不良；
②先天性無虹膜合并角膜渾濁；
③角膜硬化；
④特殊類型角膜病變：大泡性角膜病變；酒渣鼻性角膜干燥；沙眼角膜病變；維生素A缺乏；角膜實質炎。
2.角膜成形目的適應證
主要指角膜組織缺損需修補的病變：如角膜變性穿孔、葡萄腫、瘺等。主要目的是建立角膜的解剖生理完整性，或為再次手術作準備。
3.治療性目的適應證
某些急性感染如細菌、真菌、病毒等，角膜病變對藥物治療不敏感而持續惡化病例，行角膜移植來切除病變組織，防止眼內容脫出是一種積極的手術療法。
4.合并角膜病變以外的疾病
（1）青光眼：沒有經過藥物或手術控制的青光眼通常應視為角膜移植術的禁忌證，如必須手術，眼壓至少穩定6周以后。
（2）白內障：是術眼最常見合并的病變。顯微技術已為角膜-白內障摘除二聯手術或角膜移植-白內障摘除-人工晶狀體植入三聯手術提供了可能，并已積累了先例經驗。
（3）視網膜脫離：合并有視網膜脫離的角膜病，角膜移植不僅為復明所必需，也是創造觀察眼底、裂孔定位施行視網膜復位手術的必要前提。