1、共聚焦激光掃描顯微鏡使用多個鏡子（通常沿x軸和y軸線性掃描2或3個）來掃描樣品上的激光，并通過固定的針孔和檢測器“掃描”圖像。
2、旋轉盤（Nipkow盤）共焦顯微鏡在盤上使用一系列移動針孔來掃描光點。由于一系列針孔平行掃描一個區域，因此與激光掃描顯微鏡相比，允許每個針孔在特定區域上懸停更長的時間，從而減少照射樣品所需的激發能量。降低的激發能量減少了樣品的光毒性和光漂白，使其成為用于成像活細胞或生物體的優選系統。
3、微透鏡增強或雙旋轉盤共聚焦顯微鏡的工作原理與旋轉盤共聚焦顯微鏡相同，只是在含有針孔的旋轉盤之前放置含有微透鏡的第二個旋轉盤。每個針孔都有一個相關的微透鏡。微透鏡用于捕獲寬帶光并將其聚焦到每個針孔中，從而顯著增加引入每個針孔的光量并減少旋轉盤阻擋的光量。因此，微透鏡增強型共聚焦顯微鏡比標準旋轉磁盤系統更敏感。橫河電機于1992年發明了這項技術。
4、可編程陣列顯微鏡（PAM）使用電子控制的空間光調制器（SLM），產生一組移動的針孔。SLM是包含像素陣列的設備，其具有可以電子調整的各個像素的一些屬性（不透明度，反射率或旋光度）。SLM包含微機電鏡或液晶組件。圖像通常由電荷耦合器件（CCD）相機獲取。
這些類共焦顯微鏡中的每一種都具有特定的優點和缺點。大多數系統要么針對記錄速度（即視頻捕獲）或高空間分辨率進行了優化。共聚焦激光掃描顯微鏡可以具有可編程的采樣密度和非常高的分辨率，而Nipkow和PAM使用由相機分辨率定義的固定采樣密度。單點激光掃描系統的成像幀速率通常比旋轉磁盤或PAM系統慢。商用旋轉盤共聚焦顯微鏡的幀速率超過每秒50幀 -這是動態觀察（如活細胞成像）的理想特征。