第I組內含子具有編碼核酸內切酶的開放續框；有時成熟酶的活性和此蛋白有關。第II類內含子具有編碼核酸內切酶和反轉錄酶式的序列，另外成熟酶的活性也與此蛋白有關。在有些情況下還具有與其它酶活性相關聯的成熟酶功能的遺傳信息，成熟酶主要功能是使內含子的構象穩定，這于剪接來說是很必要的。
現已知道有些第一組內含子編碼核酸內切酶，它們的作用是幫助內含子在雜交中能插入到其不同等位基因的座位中。
在真菌的線粒體中普遍存在著內含子的多態性或者缺乏內含子，有種觀點認為內含子來源于基因的插入。通過分析酵母線粒體的大的rRNA基因在雜交中的重組另一種觀點認為以上的現象是基因的丟失。
在第I組內含子中含有編碼序列。這些內含子存在于“ω+”的酵母品系中，但另一品系（ω-）中缺乏此內含子，將ω+和ω-進行雜交其后代通常都是ω+。如果我們將ω+品系看作供體，將ω-品系前成受體，我們從ω+×ω-雜交中會發現ω-基因組中產生了內含子的新拷貝，結果使全部后代都表現為ω+。