凝膠滲透柱色譜法是利用交聯、聚合而形成的表面惰性的多孔物質凝膠，經泡脹后具有一定孔徑的三維網狀結構，其網孔可使一定大小的分子滲透入內，較大的分子不能進入網孔，可不受阻滯地通過色譜柱，從而達到分離不同大小分子一種方法，又稱為凝膠過濾色譜法(gel filtration chromatography)。
凝膠滲透柱色譜法分離的關鍵是凝膠。常用的有葡聚糖凝膠(Sephadex商品名)等。分離時，大分子物質先流出，小分子物質后流出。
凝膠滲透柱色譜法的優點是不依賴流動相和固定相的相互作用，分離容量比其它色譜法大得多，且回收率高，副反應少，凝膠使用壽命長等。其缺點是不能分離分子大小相近的物質等。
凝膠滲透柱色譜法的基本操作與吸附柱和離子交換柱色譜法大致相同，不再贅述。